คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เป็นส่วนราชการระดับคณะวิชา สังกัดมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ กระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัย และนวัตกรรม โดยเป็นคณะวิชาที่จัดตั้งขึ้นเป็นอันดับ 11 ของมหาวิทยาลัย และเป็นสถาบันทางแพทยศาสตร์ที่จัดตั้งขึ้นเป็นอันดับ 9 ของประเทศ ตามที่ได้รับการสถาปนาขึ้นใน พ.ศ. 2533 ตามแผนการขยายการเรียนการสอนในสายวิทยาศาสตร์และวิทยาศาสตร์ประยุกต์ นับเป็นคณะแรกในสายวิทยาศาสตร์สุขภาพ คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ จัดตั้งขึ้นด้วยแนวคิดการจัดการเรียนการสอนโดยใช้ชุมชนเป็นฐาน (Community-Based Learning : CBL) ซึ่งในขณะนั้นยังไม่มีโรงเรียนแพทย์ใดริเริ่มการเรียนการสอนดังกล่าวการเรียนการสอนของคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ได้รับการปรับปรุงหลักสูตรทุก ๆ 5 ปี ตามนโยบายของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ในระยะแรกของการก่อตั้ง ทางคณะได้จัดให้มีการเรียนการสอนในรูปแบบ 100% Problem-based learning และ 0% Lectures ตามแนวทางการจัดการศึกษาในระดับอุดมศึกษาแผนใหม่ โดยมีช่วงเวลาที่ให้นักศึกษาได้เพิ่มเติมความรู้โดยตนเองเป็นผู้กำกับ (Self-directed learning) ภายหลังได้มีการปรับสัดส่วนดังกล่าวอยู่ในระดับ 80% Problem-based learning และ 20% Lectures หลักสูตรที่ใช้ในปัจจุบันคือ หลักสูตรปีพุทธศักราช 2552 โดยในระดับพรีคลินิค (ชั้นปีที่ 2-3) มีการจัดการเรียนการสอนในรูปแบบ Hybrid Problem-based Learning (Hybrid PBL) คือมีการเรียนการสอนแบบบรรยาย ประกอบกับการใช้โจทย์ปัญหาในกระบวนการกลุ่มย่อยที่อ้างอิงทางคลินิก และในระดับคลินิก (ชั้นปีที่ 4-6) มีการจัดการเรียนการสอนคล้ายคลึงกับสถาบันอื่น ๆ โดยเน้นการปฏิการทางคลินิกบนโรงพยาบาลธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติ[2]